26 квітня 2016 року російська окупаційна влада Криму визнала Меджліс кримськотатарського народу екстремістською організацією і заборонила його діяльність.

Під час “засідання” самопроголошена прокурорка Криму Наталія Поклонська заявила, що Меджліс кримських татар веде антиросійську діяльність на догоду Заходу. Судове засідання проти Вищого представницького органу кримських татар було ініційоване відповідно до подання Поклонської ще 15 лютого того року.

У своєму зверненні так звана прокуратура керувалася федеральним законом «Про протидію екстремістській діяльності».

Судова справа містила кілька томів в дусі радянського режиму 1930-х років. З самого початку можна було передбачити, що рішення про заборону вже заздалегідь ухвалене. Про це свідчили постійні репресії російської влади стосовно кримських татар, обшуки та затримання на окупованому півострові.

Показово, що ще 18 квітня Міністерство юстиції росії внесло Меджліс кримськотатарського народу до переліку громадських об'єднань, діяльність яких припинена у зв'язку зі здійсненням ними екстремістської діяльності. Це зроблено на підставі рішення "прокурора" Криму від 12 квітня того ж року.

Як казав голова Меджлісу Рефат Чубаров, заборона вищого представницько-виконавчого органу кримськотатарського народу є одним зв злочинних дій москви, спрямованих на придушення волі і єдності корінного народу Криму, який відкрито виступив проти російського вторгнення до Криму та протидіє спробам його окупації, які тривають.

Таким чином, рф продемонструвала відверте нехтування та порушення фундаментальних норм міжнародного права, включаючи Міжнародну конвенцію про ліквідацію всіх форм расової дискримінації, Конвенцію Ради Європи про захист прав людини і основоположних свобод, Декларацію ООН про права корінних народів.

Цим "судовим" рішенням кремль продемонстрував відверте невизнання всієї системи національного самоврядування, оскільки під так звану судову заборону Меджлісу так чи інакше підпадає вся система національного самоврядування. Це і делегати Курултаю (загалом 350 осіб), і члени 370 регіональних меджлісів, ті, хто обирає структури національного представництва.

"рф демонстративно ігнорує Наказ Міжнародного Суду ООН від 9 квітня 2017 року, який зобов'язує її «утриматися від прийняття або підтримки обмежень відносно можливості кримських татар зберегти власні представницькі інститути, включаючи Меджліс», а також забезпечити вільний в'їзд-виїзд на територію Криму керівництву і членам Меджлісу кримськотатарського народу.

В умовах репресій, які посилюються відносно кримських татар та етнічних українців у тимчасово окупованому росією Криму, категоричних відмов російських окупантів звільнити кримських політв'язнів, а також ультимативних заяв офіційних представників російської федерації про те, що, мовляв, «питання належності Криму закрито», закликаємо учасників відеоконференції «нормандського формату» на рівні міністрів, запланованої на 30 квітня 2020 року, обговорити ситуацію з правами людини і становищем кримськотатарського народу в тимчасово окупованому Криму",— наголосив Рефат Чубаров.

Ще до ганебного рішення про Меджліс російські окупанти заборонили відвідувати Крим лідеру кримськотатарського народу, першому голові Меджлісу Мустафі Джемілєву та чинному голові Меджлісу кримськотатарського народу Рефату Чубарову.

Згодом у 2015 році проти Чубарова та Джемілєва було відкрите кримінальне провадження, яке завершилося тим, що так званий «Київський районний суд Сімферополя» 20 січня 2016 року заочно заарештував Мустафу Джемілєва за звинуваченнями у «тероризмі» та «підриві основ державності» росії.

У 2015-2016 роках окупанти заарештували заступників голови Меджлісу Ахтема Чийгоза та Ільмі Умерова, а згодом засудили до 8 та 2 років позбавлення волі відповідно. Лише у 2017 році за посередництва Туреччини їх звільнили.

У вересні 2021 року представники окупаційної «влади» рф у Криму провели серію обшуків та затримали першого заступника Меджлісу кримськотатарського народу Нарімана Джеляла. Через рік підконтрольний росії "Верховний суд" Криму засудив його до 17 років позбавлення волі.

Заборона Меджлісу викликала обурення світової спільноти. 19 квітня 2017 року Міжнародний суд ООН в Гаазі визначив, що росія має утриматися від обмежень відносно Меджлісу кримськотатарського народу та поновити його діяльність. Голова Суду Ронні Абрахам заявив: "Суд вважає, що відносно ситуації в Криму рф має утриматися від накладення певних обмежень на можливості кримських татар та їхньої спільноти зберігати свої установи".

У квітні 2020 року Євросоюз закликав росію виконати наказ Міжнародного суду ООН та скасувати заборону Меджлісу кримськотатарського народу.

Україна зі свого боку 20 березня 2014 року постановою Верховної Ради визнала Меджліс кримськотатарського народу, виконавчий орган Курултаю кримськотатарського народу та Курултай Вищим представницьким органом кримськотатарського народу.

Проте український парламент не поспішає прийняти низку законів, які стосуються корінного народу Криму. Лише у 2021 році Рада прийняла закон "Про корінні народи України", а зміни до Конституції щодо статусу Криму як національно-територіальної автономії у складі України та закон про Статус кримськотатарського народу, який чинить спротив окупантам в Криму досі не прийнятий.